За двадцать лет до начала истории астероид, направляющийся к Земле, уничтожает Плутон. Из-за разрушения Плутона астероид, получивший название Танатос, временно застаивается. Сейчас, чтобы избежать грядущего разрушения Земли, Международное агентство по развитию солнечной системы (ISDA) работает над "D-проектом" и создает "Драконата", обнаружив под океаном яйцо дракона. Главная цель этого оружия - уничтожить астероид, когда придет время. Однако вскоре они обнаруживают, что астероид - не единственная их угроза, так как на Земле появляются могущественные дракоподобные существа, склонные к уничтожению.
Став свидетелем убийства одного из существ, Джин Камишина, одинокий 18-летний мальчик, потерявший семью в аварии шаттла два года назад, втягивается в тайны драконов и становится выбранным пилотом дракона. Помогает ему в его путешествии Тоа, таинственная девушка, которая спасает его от падения после того, как существо нападает на него. Углубляясь в тайны драконов, они встречают новых друзей и врагов, а также начинают развивать более тесные отношения.